妊娠期一旦得了肾盂肾炎，必须用有效的抗菌药物治疗，当然，也应警惕对孕妇与胎儿有害的药物。理想的药物要求安全而有效。有些药物对孕妇有利而对胎儿有可能不利，但为了孕妇的治疗急需，应权衡利弊酌情使用，可采用较小的有效剂量与较短的有效疗程。对此，病人必须跟医生充分合作，并应互相理解。
在有条件的医院，用药前孕妇必须做尿液细菌培养、菌落计数及药物敏感试验。
按传统的标准，每毫升尿液菌落数达到10万才可诊断尿路感染，目前则认为有症状的患者如中段尿培养菌落计数>1万，且是单一菌种；或出现膀胱刺激症状且菌落计数>1千，也可考虑诊断尿路感染。
医药界对孕期尿路感染的药物选择有如下见解：
氨基糖甙类：常用的庆大霉素、丁胺卡那霉素可损害胎儿的听神经而引起先天性耳聋，故不宜使用。
复方新诺明：在妊娠16周以前使用可能致畸胎；在产前2周使用可能引起新生儿“核黄疸”，故只适用于妊娠中期。
呋喃坦啶：一般可以使用。对个别人可引起溶血性贫血。
氨苄青霉素：对青霉素不过敏的病人，可以放心使用。
头孢菌素类：可以使用。第一代头孢菌素(如头孢拉定)疗效较差；第二代头孢菌素对尿路感染的疗效甚好，但对青霉素过敏者要慎用。
喹诺酮类：目前使用的第三代喹诺酮药有氟哌酸、氟嗪酸、环丙氟哌酸和左氧氟沙星等。喹诺酮类口服使用很方便，对尿路感染的疗效甚佳。由于早年以氟哌酸做动物试验，发现其可引起幼犬和胎鼠的软骨损害，故认为孕妇及儿童不宜使用。但另据近年来在国内外做的动物试验发现，试验动物的胚胎无异常。分析原因是早年用氟哌酸做动物试验时采用了“超剂量”。另据国内的资料，接受氟哌酸治疗的患儿，在治疗期和治疗后，并没有不良反应，许多患者在用药后长期随访至15岁，对长骨进行X线摄片，也没有软骨损害的证据，故许多学者认为，从循证医学的角度来说，如果剂量合适，使用还是安全的。
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