钙元素含量和吸收率不同
碳酸钙含钙量达40%，吸收率在12%—38%
醋酸钙含钙量大概在25%左右，吸收率为69%—82%。
服用后副作用不同
碳酸钙有三种制剂类型，嚼服的钙片、颗粒冲服、碳酸钙粉胶囊。碳酸钙在代谢过程当中，会消化消化道当中的一些水分，可以使大部分的人出现便秘、胃酸分泌不足，因此，长时间服用碳酸钙可能会出现习惯性便秘。
醋酸钙常用制剂有两种：颗粒冲剂&醋酸钙胶囊。前一种往往适于孕产妇、婴幼儿、吞咽困难人群服用；后一种适用于成人服用。醋酸钙因其特殊加工特性，往往不添加香精等调合口味，口感少差了一些，导致有些患者因此而选择了其他产品；目前尚未证实因醋酸钙做补钙用品导致的毒副作用。
服用禁忌不同
醋酸钙与磷结合能力比同钙量的碳酸钙大，可有效减少肠对磷的吸收，因而更适用于高磷血症患者的治疗。
习惯性便秘的病人不能使用碳酸钙，肾胆结石的病人不能服用碳酸钙制剂。
价格不同
从医院药价对比来看，碳酸钙因制作成本低，价位普遍仅为醋酸钙产品的一半。