疱疹性咽颊炎的治疗，以中西医结合最好。
西医方面，现在没有专门针对这类肠道病毒的抗病毒药物，临床上主要用干扰素α局部雾化或喷喉来抗病毒治疗，其他治疗包括退热，止痉等对症处理。
因此，结合中医药联合治疗就显得特别重要。
中医方面，我最常使用开喉剑或双料喉风散局部喷喉，起到清热解毒利咽的作用，可以配合中药增强清热解毒的效果。但孩子咽部疼痛，常常拒服药物，很多时候用药的剂量或次数就会打折扣，也就达不到治疗的效果。
此时可用小儿推拿辅助治疗，不会直接刺激病位，一般跟孩子说明情况后，都能较好地接受，毕竟孩子也想快点好起来呀！具体怎么做呢？
发病初期：孩子发病初期，是最容易被家长忽略的。虽然很多孩子一开始就急剧发热，但家长只当是普通感冒，并不会注意查看孩子咽部，以致错过了及时干预。
若此时一旦发现孩子有疱疹，还是要用双料喉风散喷喉，喷后不要喝水和漱口，让药物在咽部停留一定时间。同时，由于病情为初期，孩子正气还是比较充足的，此时用小儿推拿助发汗，及时祛邪外出，以防邪气深入与内热搏结，有利于疾病平稳发展，也能有效预防孩子高热惊厥。
清肺经100-300次：清肃肺经热邪清胃经100-300次：清胃泄热清天河水100-300次：清热不伤阴外感四法、拿风池100-300次：调节阴阳，疏风解表；开璇玑2-3遍：具有宣上、畅中、通下的作用，可调畅人体气机，同时用于治疗外感引起的胃失和降、脾失健运所导致的呕吐、纳差、腹胀等症状。
清肺经
清胃经
清天河水
外感四法-开天门
外感四法-推坎宫
外感四法-揉太阳
外感四法-揉耳后高骨
拿风池
开璇玑
发病极期：外邪皆已入里化热，一派毒热炽盛之象，重点在于用汗、吐、下、清法，从皮肤、二便等多渠道发散热毒之邪，最大限度减轻小儿症状，同时顾护正气。高热的孩子可以用双手稍放血，引热邪外出。清胃经100-300次：清胃泄热双清肠-清大肠、清小肠各100-300次：导热毒从二便下行以大清实热而不伤正气；退六腑100-300次：通腑泄热清天河水、推下天柱骨各100-300次：清热为主，能助发汗又能出痧，使热毒随痧与汗解。
清胃经
退六腑
清大肠
清小肠
清天河水
推下天柱骨
发病后期：要重视后期的清热养阴。此时邪气祛除，孩子正气损耗巨大，重点要清解余热，增强机体消化吸收及新陈代谢，利于正气康复。运板门100-300次：板门为脾胃之门能助后期脾胃生化气血而利正气恢复；水底捞明月100-300次、揉二人上马100-300次、揉涌泉1-2分钟：清除余热，滋阴。
运板门
水底捞明月
揉二人上马
揉涌泉
注意事项
1、操作过程以温水为介质，每日操作1-2次，对于体温反复升高者，可于体温升高时单独或联合选用清天河水、推下天柱骨等；
2、注意隔离，该病在潜伏期也是有传染性的，要避免与人群接触。