1、肛管直肠疾病。最常见的是肛管直肠肿瘤，如直肠癌、肛管癌，侵犯到肛管直肠并累及到肛门括约肌时，或溃疡性结肠炎长期腹泻引起肛管炎时就会导致发病。
2、外伤：由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁。如刺伤、割伤、灼伤、冻伤及撕裂伤，以及肛管直肠手术的损伤，如肛瘘、痔、直肠脱垂、直肠癌等手术损伤了肛门括约肌致大便失禁。
3、神经系统发育缺陷：先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁。病人外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，无收缩功能，处于弛缓状态。且由于感觉和运动系统均受影响，直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出。此种病儿往往伴有尿失禁。
4、肛门直肠畸形：肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂。高位畸形时直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位；内括约肌缺如或仅处于雏形状态；外括约肌多处于松散状态，其间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱。
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