病毒细菌入侵
病毒是引起婴幼儿腹泻的最常见的病原体。特别是到了秋季是幼儿轮状病毒的高发期。轮状病毒引起的肠炎因为好发于秋冬季又称为秋季腹泻，秋季腹泻高峰来临时各大医院儿科门诊经常人满为患。除了轮状病毒外，诺沃克病毒、大肠杆菌、空肠弯曲菌、变形杆菌、真菌等多种病原体都可以导致儿童腹泻。
消化不好：
婴幼儿消化系统发育不成熟，酶的活性较差，但营养需要相对又高，肠道负担重。如果喂养不当，过多地加喂淀粉类、脂肪类食物，导致成分改变，或者一次进食过多等，都可引起消化功能的紊乱，导致腹泻。
其他各种因素
除病原体感染外，多种非感染因素亦可引起腹泻。喂养不当例如过早喂食大量淀粉类或脂肪类食物、突然改变食物品种等，气候突然变化，蛋白过敏，乳糖不耐受等都是婴幼儿腹泻的原因。
温差大：
秋季气温变化大，忽冷忽热。气候变化引起感冒、腹部受凉以及各种感染也可导致腹泻。
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