95%以上由单一细菌引起，革兰阴性肠杆菌属是主要致病菌，其中以大肠埃希杆菌最多见约90%门诊患者和50%住院患者的病原菌是大肠埃希杆菌多见于无症状性菌尿非复杂性产后尿道感染及初次产后尿道感染克雷白肠杆菌、假单胞菌属和变形杆菌属感染则常见于复发产后尿道感染。近10%-15%的产后尿道感染还可由革兰阳性菌引起主要为葡萄球菌属和粪肠球菌。其中腐生性葡萄球菌是引起女性(尤其年轻女性)急性产后尿道感染的重要原因，对女大学生有症状产后尿道感染患者的调查发现，其感染率仅次于大肠埃希杆菌。
真菌感染(主要为念珠菌属)多发生于留置导管糖尿病使用广谱抗生素或免疫抑制剂的患者。某些病毒感染可累及尿路，临床多无症状，但腺病毒Ⅱ型感染可引起学龄期儿童急性出血性膀胱炎。支原体感染少见但能引起急性尿道综合征。多种病原体混合感染仅见于长期放置导尿管、尿道异物(结石或肿瘤)、尿潴留伴反复器械检查，以及尿道-阴道(肠道)瘘等患者。
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