孕早期发现卵巢囊肿后，孕妈妈不要过度惊慌，应进行详细的超声检查，这对于了解卵巢囊肿的部位、大小、病理性质以及决定处理方式均具有重要的意义。
1、发现卵巢囊肿后，应有足够的时间来观察，通常情况下需观察至孕12周，由于怀孕之后也可以合并黄体囊肿，而黄体囊肿会随着妊娠的继续自行缩小甚至消失。
2、孕12周前不宜行卵巢囊肿手术，因孕12周之前胎盘还没有形成，不能产生足够的孕激素来维持胚胎发育，只能靠妊娠黄体产生的孕激素来维持，手术会破坏妊娠黄体对于胚胎生存的促进作用，造成流产。孕12周以后可根据囊肿的大小、性质、孕妇及其家属的意见来决定是否进行手术治疗。
对于直径大于8厘米的囊肿，可采取手术治疗，术后要注意休息和保胎治疗。卵巢囊肿切除术大多采用腹腔镜手术，对于孕妈妈来说，手术创伤小，而且恢复快，对胎儿的影响也小。
手术时间的选择。手术时间通常选择在孕16～20周，因为孕16周以后随着胎盘的形成，胎盘自身的内分泌功能足以替代卵巢黄体的功能，从而避免对妊娠造成不良的影响。若在此时间段之后手术，手术困难度增加，随着囊肿体积的增大，还有可能发生囊肿蒂扭转、囊肿破裂等并发症，处理起来相当被动，对母儿的生命也造成很大的威胁。
3、孕期如若出现良性囊肿合并出血、蒂扭转、破裂或怀疑为恶性，不论在妊娠的任何时期都应积极进行手术治疗，以免延误病情。