由于无法收集到生化妊娠的标本，所以不能确切知道导致生化妊娠的原因。通常认为造成生化妊娠的原因和自然流产的一致，胚胎染色体异常可能是导致发育停滞主要原因。通过对试管婴儿过程中发生的生化妊娠分析，发现女性年龄偏大，如超过35岁，卵子质量不好、胚胎发育差等是导致生化妊娠的原因之一。
1、通常认为造成生化妊娠的原因和自然流产的一致，胚胎染色体异常、受精卵有缺陷可能是导致发育停滞主要原因。
2、卵巢黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵着床。
3、子宫因素：子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响受精卵着床。
4、精神过度紧张，尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大。
5、免疫因素：近年来对免疫因素的研究，认为有两种免疫情况影响受孕。a同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，被阴道及子宫上皮吸收后，通过免疫反应产生抗体物质，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床；b自身免疫：认为不孕妇女血清中存在透明带自身抗体，与透明带起反应后可防止精子穿透卵子，因而阻止受精；（验血检查免疫抗体、封闭抗体）
6、中医调养：如果上述检查均正常就要看看中医能不能发现问题。
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