由于孩子体内的各种器官发育还不成熟，抗生素很容易残害或潜在地残害孩子的身体器官，最主要是容易导致肝和肾功能的损害，因为很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的。此外，还有氨基糖苷类抗生素，如庆大、丁胺卡那等，容易造成孩子耳聋；喹诺酮类药物，如环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害；氯霉素则可导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。滥用抗生素还会导致小孩抵抗力下降、对抗生素依赖性增强。滥用抗生素还会增加小孩对药物的过敏反应，容易导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。
监测数据显示，由抗生素引发的不良反应，症状为皮肤瘙痒、过敏性皮疹及过敏性休克等变态反应的占67%，恶心呕吐、腹痛腹泻等消化道系统反应的占8%。还可能产生头痛、头昏、心悸、胸闷等不良反应。滥用抗生素还会伤害宝宝的耳朵，北京市聋儿康复中心的聋哑孩子中，有一半以上变聋的原因跟滥用抗生素有关。来自中国聋儿康复研究中心的数字显示：我国7岁以下儿童因为不合理使用抗生素造成耳聋的数量多达30万人，占总体聋哑儿童的比例高达30%～40%，而一些发达国家只有0.9%的比例。如果医生给孩子开出一大堆药物，妈妈也必须警惕，孩子不适合大量服药，妈妈要找医生问清楚：开这么多药品合理吗？生病也并非一无是处，当孩子生病后，免疫功能也被调动起来，那么以后得病的概率就会下降。
在这里要提醒有些家长，不要把抗生素当做是万能药，虽然有些价格便宜的老药药效比较慢什么的，再加上人们也不是经常使用，但是有可能疗效更好。一些价格较贵的广谱抗生素虽然对各种类型的细菌都有效，但对其耐药的细菌也多，且不良药物反应也较多。
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