无论是鲜榨果汁，还是工艺化生产的100%纯果汁，跟新鲜水果相比，其维生素，特别是怕热的维生素和抗氧化成分均会损失；膳食纤维也会损失。
1、维生素的损失。以维生素C为例，当水果中的维生素C遇到维生素C氧化酶，并且遇到氧气时就会发生反应。水果完整时，酶和维生素C住在细胞、组织的不同位置，互不碰面，而且也没有氧气存在，所以不会发生反应。
可是果汁加工中的破碎、打浆过程让三者相遇，为反应提供了充分条件。因此果汁跟水果相比维生素会损失。抗氧化成分的损失跟维生素同理。
2、膳食纤维的损失。水果生产成果汁的过程，会去掉部分膳食纤维，不同种类果汁膳食纤维损失不同，例如，苹果汁是一种澄清汁，在其生产中，会除去绝大多数膳食纤维；而橙子做成橙汁膳食纤维去除的比较少。
如此讲来，不要认为果汁一无是处，跟水果比起来，它的各种矿物质含量更丰富，喝100毫升果汁肯定比吃100克水果得到的矿物质多；虽然膳食纤维有损失，可是也可提供部分膳食纤维；另外果汁喝起来方便，不像水果还要清洗；携带起来也方便；另外果汁经过高温杀菌、无菌包装等工艺，保质期更长。
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