1、肛门先天性发育畸形
（1)神经系统发育缺陷
先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁。患者外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，无收缩功能，处于弛缓状态。且由于感觉和运动系统均受影响，直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出。此种患儿往往伴有尿失禁。
（2)肛门直肠畸形
肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂。高位畸形时直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位；内括约肌缺如或仅处于雏形状态；外括约肌多处于松散状态，其间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱。其病因主要与畸形伴有感觉和运动神经组织结构的缺陷有关。
2、外伤
由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁。如刺伤、割伤、灼伤、冻伤及撕裂伤（主要为产妇分娩时的会阴撕裂)等。
3、神经系统病变
多见于脑外伤、脑肿瘤、脑梗死、脊髓肿瘤、脊髓结核、马尾神经损伤等均可导致大便失禁。
儿童大便失禁的治疗办法也是多样的，可以选择药物治疗也可以选择手术治疗。值得注意的就是日常生活当中注意饮食对于改善儿童大便失禁也是有帮助的。因为有着大便失禁情况的人群需要预防腹泻情况的出现，所以不要吃一些生冷刺激的食物。
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