1、诊断的风险
羊水穿刺的诊断风险，说的是羊水穿刺并不是100%能够得到正确的诊断结果。经大量医学资料表明，抽取羊水进行唐筛检查只能帮助判断胎儿患有唐氏症的机会有多大，但不能明确胎儿是否患上唐氏症。另一方面，即使化验指数正常，也不能保证胎儿肯定不会患病。筛查的目的不是诊断某一种疾病，而是筛选出患某一疾病可能性较大的人。
2、羊水穿刺危险性
羊水穿刺检查方法对母亲或胎儿造成风险的可能性在0.5%到1.5%之间。因此不是每个孕妇都需要羊膜穿刺术。还有另外一个重要的缺点：这种羊膜穿刺术要等胎儿发育到十六周至二十周之间才能实施，就算是发现胎儿有遗传性疾病，但很难决坠胎。
3、羊水穿刺的并发症
在早期发表的研究报告指出，因羊水检查而导致胎儿死亡的机率约1.5～3.5%。而根据目前最新的研究报告则指出，若是单胞胎接受羊膜腔穿刺，胎儿死亡机率为0.6%；若是双胞胎接受羊膜腔穿刺，则机率提高到2.7%。
4、可能的副作用
约有2～3%的孕妈咪在穿刺后会出现轻微的子宫收缩及阴道流血，可能会出现阴道血、羊水溢出或子宫持续性收缩，约占2%的孕妇会发生自发性流产，约占0.3%至0.5%。仅约有0.5%的孕妈咪会出现羊膜炎、胎膜破裂及流产。