益生菌（原生保健性菌种，Probiotics），包括乳酸菌、部分酵母菌和霉菌，为具有促进宿主（例如：人类、动物）肠道微生物态平衡，并可增加宿主动物健康效益的活性微生物。市面上的益生菌产品种类多的让人眼花撩乱，常见的功效种类包括：胃肠功能改善、辅助调整过敏体质、免疫调节…等等，下列将介绍常见可改善胃肠功能的益生菌。
改善胃肠功能不可不知的好菌
考古学家发现西元前6000年古代游牧民族经常食用的食物－酸奶（优酪乳），是人类最早食用益生菌的来源，而酸奶是由乳酸菌与鲜奶（牛奶或羊奶等）发酵而成。乳酸菌（Lactic Acid Bacteria，LAB）能将碳水化合物进行发酵，产生多量的乳酸，乳酸菌的种类繁多，下列介绍三种常见的乳酸菌：
1、双歧杆菌属（Bifidobacterium genus）：
为革兰氏阳性G（+)细菌，是人体内常见的益生菌之一，在婴儿肠道比例约占90％，在成人的肠胃道比例则逐渐下降至3％，大多群聚於结肠，小肠。附着在肠道细胞上，保护肠道内层免受毒素或细菌的伤害，具有减少急性腹泻和大肠杆菌感染的风险，有助于增加肠内益菌、减少肠内害菌、改善肠内细菌菌相。
例如：比菲德氏菌-B菌（Bifidobacterium bifidum）、龙根菌（Bifidobacterium longum）、乳双歧杆菌（Bifidobacterium lactis）
2、乳杆菌属（Lactobacillus genus）：
为革兰氏阳性G（+)细菌，能够代谢糖类，将乳糖转变为乳酸，产生超过85％乳酸的细菌。常存在于人体口腔、回肠、结肠和阴道中，具有调节结肠微生物群落和免疫反应的作用。在人体内的作用与剂量是有关连的，临床试验研究摄取大量益生菌（10 9～10 10 CFU），具有下列效益：缓解乳糖不耐症、预防肠道感染、调节肠道蠕动。
例如：嗜酸乳杆菌-A菌（Lactobacillus acidophilus）、胚芽乳酸菌（Lactobacillus plantarum）、鼠李糖乳杆菌-LGG菌（Lactobacillus rhamnosus GG）、干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）
【注：CFU，Colony-Forming Units，菌落形成单位，是计算细菌数量的一种方法，其值越高表示所含的细菌数量越多。】
3、乳酸球菌属（Lactococcus genus)
为球形的革兰氏阳性G（+)细菌，可在温度20-30度C下进行自发性发酵，又被称为嗜温乳酸链球菌（Mesophilic Lactic Streptococci）。常用于生产乳酪，酸奶油和酪乳，在食品加工业中广泛用作发酵剂、食品保存剂，风味和质地形成剂。部分菌株可分泌细菌素（Bacteriocin)抑制害菌生长，维持肠道菌丛平衡，帮助其他益生菌生长，维护人体肠道健康。
例如：雷特氏乳球菌（Lactococcus Lactis subsp。 Lactis）
粪肠球菌和屎肠球菌为什么被禁用？
2017年10月19日卫生福利部食品药物管理署（食药署）公告，基于保护国人健康及食用安全之考量，将限制「粪肠球菌（Enterococcus faecalis）及屎肠球菌（Enterococcus faecium）不得作为食品原料使用」。
粪肠球菌（Enterococcus faecalis）与屎肠球菌（Enterococcus faecium）属于肠球菌属（Enterococcus），为革兰氏阳性G（+)细菌，是人体与动物肠道的正常菌群，参与肠道的生理代谢活动。可经由粪便、肠道或环境中分离纯化而来，但菌株稳定度不足，并具有能生成抗药性物质的特性，加之容易因接触外在细菌，发生基因水平转移（Horizontal Gene Transfer，HGT）污染，受到污染的菌株进入人体，可能造成体内菌丛的不平衡，对于免疫系统较差的人（例如：年长者、小孩、化学治疗病患…。），甚至可能发生抗药性的问题。因此在购买益生菌时可先谘询医药专业人员建议的菌种类别，选择安全性高的菌种，以免花钱又伤身。
另外，民众在购买益生菌时最常有的疑问，就是益生菌是否需要冷藏，其实益生菌产品是否需要冷藏主要与菌种有关，其次是制造技术，若益生菌菌种属于稳定性高者，并搭配良好制作生产技术，在室温下存放亦可有效的保持益生菌高度活性。
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