得了百日咳的患儿应及早就诊，同时积极地抗感染处理，可以尽早地缓解症状，缩短病程。也可用高价百日咳免疫球蛋白协助治疗。民间常用鸡胆汁治疗百日咳，方法是：取新鲜鸡胆，刺破后取其胆汁拌适量食糖，搅成糊状后蒸熟分服。1岁以下病儿，2～3天取用1只；1～3岁，每天1只；3～5岁，每天2只。疗程4～5天。有较好的止咳效果。
如果宝宝在百日咳发病非常早的初期使用抗生素，药物就能帮助缓解百日咳症状。如果抗生素用得晚，尽管宝宝分泌物中的百日咳细菌能被去掉，这样宝宝就不会传染别人，却可能没办法缩短百日咳的发病期。另外，百日咳引起的咳嗽通常要持续6～10周，所以你除了等待外，也没有什么有效地办法。要是宝宝用了抗生素后，咳嗽反而加重了，要马上带宝宝去医院。在百日咳非常严重的情况下，为了避免脱水，宝宝就必须住院、吸氧、输液了。
除食疗调治小儿百日咳后，平时也要注意针对患儿的症状表现来护理，注意保持患儿居室通风，避免受寒，为保证足够睡眠，如患儿夜间剧烈咳嗽的，可酌情服用镇静药物。饮食上要注意保证足够的热量和维生素，还有水和钙质。