在怀孕中如果营养不好会造成胎儿发育不良，其中最常听到与胎儿畸形有关的营养素就是叶酸，叶酸是形成dna及蛋白质很重要的原素，若怀孕时缺乏叶酸，容易造成胎儿神经管的缺陷，如无脑儿或脊柱裂，并且兔唇、颚裂的机会也升高。
一般会建议想要怀孕的人，在孕前可每天服用叶酸0.4毫克，对于曾发生过这种缺陷胎儿或有家族史的人，在怀孕前二个月及怀孕后一个月，每天可服用4毫克叶酸，有些国家会在榖物或面粉中添加叶酸以为预防。
然而有些营养素补充太多也不好。如维他命a，孕妇若每天服用超过一万单位(i.u.)的维他命a则有1/4机会造成胎儿畸形，如先天性心脏病以及眼睛、颚裂、耳朵的畸形，另外有1/4机会造成智障，所以补充维他命的量也要特别注意。
维他命d补充过多如每日超过15毫克容易造成软组织的钙化，碘过多会造成甲状腺肿及功能亢进；如果锌的补充超过每日45毫克，容易造成早产；氯补充太多也容易伤害胎儿的牙齿。
铁剂的补充也要谨慎。我们发现，孕妇贫血的比例高，所以很多人在怀孕中有补充铁剂的习惯，虽然没有证据显示补充铁剂会造成胎儿畸形，但有人认为，血色素过高容易造成孕妇高血压、新生儿死亡、低体重及早产，因此，适当的补充铁剂也很重要。一般建议在怀孕3个月以上再补充较为适宜，且除非有严重的贫血，每天补充30毫克即可，服用铁剂应在空腹时且不要同时服用钙及镁，因为钙、镁会抑制铁的吸收。